Moonlight gaat over Chiron, een homoseksuele jongen in een achterstandswijk van Miami, in drie fasen van zijn leven, gespeeld door drie verschillende acteurs: als tienjarig kind, als middelbare scholier en als man. Op school is hij een gemakkelijke prooi voor pesters, want hij is een in zichzelf gekeerde jongen, die worstelt met zijn geaardheid. Zijn vader is afwezig, zijn moeder crackverslaafd, en Chiron moet zich staande zien te houden in een onherbergzame wereld. „Who is you?”, vraagt Kevin, de enige leeftijdsgenoot die naar hem omkijkt. Over die vraag gaat de film, die gebaseerd is op een theaterstuk van Tarell Alvin McCraney.